Los procesos naturales de sedimentación generan la obligación de llevar a cabo tareas de mantenimiento de los canales que permitan navegar correctamente a los buques que circulan allí. Para ello, es necesario efectuar un dragado de mantenimiento. El concesionario que construyó el canal realizó dicha labor hasta 2013, fecha donde la CARP asumió la responsabilidad de mantener el Canal luego de la finalización del contrato con la empresa. De esa manera, la tarea de supervisión formal del Martín García fue reemplazada por la de gestión directa en todos los aspectos.

El proyecto binacional de dragado de profundización y mantenimiento del Canal Martín García involucró estudios, mediciones, múltiples operaciones y coordinaciones interinstitucionales entre ambas márgenes del Río de la Plata para la ejecución de la obra. Los procesos involucrados en la operativa de dragado son de profundización/apertura y su mantenimiento. Las actividades en fondos blandos consisten en dragado de succión y su vaciado/vertido mientras que, en fondos duros, la secuencia es perforación, dragado de material disgregado, almacenamiento y su vertido en áreas previamente destinadas para estos fines.

En cuanto al balizamiento, el canal cuenta con ciento veintidós boyas demarcatorias fondeadas en la traza del canal. Las tareas son realizadas con el apoyo de una embarcación propia de la CARP llamada San Francisco. La comisión también cuenta con un establecimiento ubicado en la ciudad de Colonia (ROU) para el mantenimiento y reposición del sistema de balizamiento que se encuentra a cargo de CARP. Por otro lado, las tareas batimétricas, es decir, las mediciones que certifican que las profundidades del canal sean las adecuadas, también son realizadas por la propia CARP. A tales efectos, la Comisión cuenta con equipamiento y embarcación propia. En este caso, la lancha Riachuelo es la encargada de realizar la verificación de la información brindada por la empresa adjudicataria de las tareas de mantenimiento del canal.

La Comisión Administradora del Río de la Plata cuenta, además, con una tercera embarcación: el remolcador Santa Lucia, destinado a efectuar tanto tareas batimétricas como de balizamiento.