El Río de la Plata es un curso de agua de escasa profundidad para los requerimientos de la navegación comercial en la mayor parte de su cauce, y es por ello que los canales de navegación se vuelven esenciales a la hora de posibilitar la circulación de buques de gran porte. El tratado en su segundo capítulo establece que en las franjas costeras las Partes, conjunta o individualmente, pueden construir canales u otro tipo de obras.

La parte que construya o haya construido un canal deberá dictar la reglamentación respectiva y ejercer el control de su cumplimiento, mientras que en el caso de los canales situados en las aguas de uso común cualquier modificación sustancial o permanente debe efectuarse previa consulta a la otra parte. Dicha consulta se realiza a través de la Comisión Administradora, el órgano deliberativo constituido por el tratado.

El 8 de julio de 1991, los Cancilleres Guido Di Tella (Argentina) y Héctor Gross Espiel (Uruguay) formalizaron el primer canje de notas reversales  mediante el cual se encomendó a la Comisión Administradora del Río de la Plata efectuar el llamado a licitación pública internacional para el dragado, balizamiento y mantenimiento de los canales del Río de la Plata entre el km 39, Barra del Farallón, y el kilómetro 0 del Río Uruguay.

Así nació el canal Martín García, una vía de navegación estratégica para el comercio exterior regional que se extiende a lo largo de 106,5 kilómetros. La Comisión Administradora del Río de la Plata (CARP) gestiona el canal por mandato de los estados parte, cobra el peaje y reglamenta su uso con fines de transformarlo en una vía competitiva que facilite el tráfico de mercadería que ingresa y sale a través del Río de la Plata.

La administración del Canal está inspirada en el afán de transformarlo en una vía competitiva, que facilite el tráfico de mercadería que ingresa y sale a través del Río de la Plata de manera eficiente y segura. El tráfico por el Martín García está relacionado con la exportación de materia prima, básicamente soja y, en menor escala, frutas, madera celulosa, aceites y combustible. La bajada del Canal, la realizan buques en su mayoría navegan cargados desde los puertos de Argentina y Uruguay con granos, minerales y celulosa. Se complementa en menor medida con el ingreso de combustibles, fertilizantes, vehículos y productos químicos, entre otros bienes importados.

Además de estos buques, hay un movimiento constante de embarcaciones menores que efectúan navegación de cabotaje (barcazas con remolcadores, areneros, buques tanques) y también buques menores de contenedores hacia/desde los puertos argentinos, uruguayos y paraguayos.

Los buques estándar que navegan por el canal son los Handy Size, que tienen entre 5.000 y 15.000 toneladas de registro neto (TRN) y calado de diseño entre 29 y 35 pies. Representan más del 70% de las embarcaciones que surcan el Canal. Otro es el Panamax, que tiene entre 15.000 y 30.000 TRN y genera el grueso de la facturación de peaje. La Tonelada de Registro Neto (TRN) es una medida de capacidad que refiere a la disponibilidad que tiene un barco que sirve como base para el cálculo de peaje.

El Río de la Plata forma parte de un sistema fluvial mayor que es la Cuenca del Plata y si bien el canal Martín García es el único canal en el Río de la Plata administrado conjuntamente entre el Estado Argentino y el Uruguayo, también existen otros. La entrada a este sistema es posible a través de una serie de canales que permiten la navegación desde el océano atlántico hacia los ríos Paraná y Uruguay: El canal Punta Indio, el canal Intermedio, el canal Emilio Mitre y el canal Martín García.

Históricamente el canal de acceso tanto al río como a la Cuenca del Plata, ha sido el Canal Punta Indio, un canal de 65 millas náuticas (120 km) que nace al sur de la ciudad de Montevideo donde se encuentra el Pontón Recalada, un buque faro estacionario a partir del cual las embarcaciones acceden al sistema de canales que
navega aguas arriba.

Actualmente, en el marco de la CARP se ha gestionado la apertura de un nuevo canal denominado Magdalena como alternativa al histórico Punta Indio. Este canal, de 53 km de longitud que se ubicará al Sur- Este del Río es la prolongación en línea recta del tramo del Canal Punta Indio a partir de la curva llamada el Codillo en el Km 143,9 hasta la zona de profundidades naturales en el Río de la Plata.